白莲教的活动方式亦更加灵活，通常是“夜聚晓散，男女混淆”。他们更加重视军事训练，一旦有战事发生，固有的传教组织立即演变为军事组织。教主（通常称为师傅）改称元帅，以下副帅、先锋、总兵等各司其职，教徒们武装起来作为战士进入应战状态。在明代，白莲教发动大小数十次的武装起义，震动了朝廷的封建统治。随着明中叶以后社会矛盾的日益激化，“邪教”的威胁日趋严重。白莲教成为封建统治者化之不解、驱之不去、毁之不灭的心腹之患。
二、白莲教活动的基本状况
在明代，白莲教的生存环境是极其险恶的。它作为“邪教”，始终处于朝廷以“禁绝”为目的的高压控制之下。明太祖朱元璋虽然参加了奉弥勒佛起义的红巾队伍，并且借助这支武装倾覆了元帝国，但是一俟功业初具规模，朱元璋就立即改变态度。元至正二十四年（1364年）八月，朱元璋发兵进攻张士诚，在讨伐檄文中他攻击白莲教徒：“误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏困苦，聚为烧香之党，根蟠汝颖，蔓延河洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，千端万状。”[57]洪武三年（1370年），明太祖又诏禁白莲教及明尊教，明确规定：“凡……妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香聚众，夜聚晓散，煽惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。”[58]这项禁令作为《大明律》的条文固定下来，为以后各个时期朝廷禁绝与镇压白莲教提供了张本。随着白莲教势力的壮大，朝廷更加严厉地禁止白莲教徒秘密结社，烧毁该教的经典（即宝卷），搜捕教首，屠杀教众，使白莲教的活动一直处于秘密状态。