但有人持不同意见，认为巴人在廪君一统部落前就与中原黄帝关系紧密，巴人与中原华夏属同一来源，甚至认为是黄帝所统率众多部落中的一支。而且，与巴人并称的蜀国，据说和“夏”同出于黄帝之孙颛顼。巴国出土的大量精美青铜竟然与千里之远，被“蜀道难，难以上青天”的高山深谷相隔绝的殷商青铜器有完全相同的样式。因此巴国的文化并不是完全自生，而是与中原文明“本是同根生”。巴人与周代有关系比较明确，但是否与黄帝、夏、商有关系还是个谜。
关于巴国的另一个未解之谜是巴人为何突然失踪了，在历史中变得毫无音讯。十数万巴人神奇失踪之谜，千百年来无数人为之苦苦追寻，试图找出谜底，但都是难得其解。
有人说，巴国被秦军灭后，其人口也被全部坑杀，这种说法也许更多是基于秦军的残暴和坑杀赵军20万之说上的猜测。
有人说，巴国人在灭国后，除死伤外都大规模迁移了。最近陕西商洛地区考古专家在探寻商洛900多个神秘洞窟起源时，又有了失踪巴人的惊人发现。据了解，商洛发现的神秘洞窟均面山、临水，故每每进洞，须越过湍急的河流。洞内呈长方形，四壁平整，人工开凿痕迹明显。就目前已知的巴人习性而言，神秘洞窟的本身就与巴人在川生活有着许多相同之处。又发现了船棺葬的残存物，而且还有一些巴人文物相继出土。这些文物与三峡地区出土的巴人文物几乎如出一辙，其器具上的符号也惊人的一致。于是有人产生了一个大胆的猜想：一度失踪的巴人是否像陶渊明《桃花源》所描述的那样，为躲避战乱而隐居起来？神秘洞窟莫非是已经消失了的古代巴人的桃花源？