宗教战争的起因，一方面是导致封建剥削加剧，特别是在意大利战争的资本主义关系开始形成；另一方面是企图削弱封建主政治权力的中央集权得到了巩固。社会政治形势促使贵族和下层市民广泛参加宗教战争。封建贵族在宗教战争中分裂成两大集团，他们相互角逐，觊觎国家政权。
一个集团是以吉斯公爵为首的大封建主；另一个集团是以波旁王朝家族的成员以及科利尼海军上将为首。
1562年，吉斯军队在瓦西镇屠杀胡格诺派的事件是这场持续30多年的宗教战争的导火线。交战双方的兵力为数都不多，在战争中都要依靠外国列强：天主教派依靠西班牙；卡尔文派依靠英国、一些德意志公爵和荷兰教友。
在前3次宗教战争中，双方都未取得决定性胜利。1570年，缔结圣日耳曼和约，这个和约满足了胡格诺派的许多宗教要求和政治要求。胡格诺派竭力加强自己的势力，这引起了天主教派的激烈反抗。1572年8月23日夜，天主教派在巴黎制造了一起大规模屠杀胡格诺派的惨案，从而导致了两次新的宗教战争的爆发。
这两次新的宗教战争与以后的宗教战争一样，双方互有胜负，均遭巨大伤亡。1598年4月，法王亨利四世颁布了南特赦令，规定天主教为国教，从而结束了这场战争。宗教战争期间，在国王军队中产生了团一级编制。炮兵得到了一些发展。但整个说来，宗教战争标志着法国军事的衰落：部队纪律松弛；交战双方雇佣军队的战斗力下降。