与这些天主教的样板相比，新教的传教士显得落后。他们的教育活动并不是在1807年伦敦会差会的马礼逊（罗伯特·莫里森）来华宣传福音时即行开始，而是要等到第一次鸦片战争以后。他们的第一所男校于1842年开设于香港，第一所女校则于1844年开设于宁波。
这些最早的学校不论其宗旨如何，总是从外国移入中国的。传教士开设这些机构，并不是应皈依基督教的中国家庭或中国教士之请，而是出于他们自己的工作需要。天主教在中国人敏感的问题上小心翼翼，不去触犯，将女子教育委托给妇女或年事较高的教师，但他们建校的目的并不是向中国人提供他们所需要的教育，而是想要移入一种新的生活方式及思想态度。传教士们想要进行的是一场道德、精神的改造。这些学校的教育就是以此为核心的。除此之外，也还设有英语、算术等初级课程。但在天主教办的学校里只教汉语，拉丁文课是为那些未来的修士保留的。在以后，尤其是1870年以后，他们确是十分努力地编制教学计划，使教学内容更适合中国的社会环境的实际需要。但尽管如此，他们在初期还是罪不容恕的，因为他们竟企图使青年脱离原有的思想道德体系，在士大夫心目中，这正是中国人国民性的所在。这对传教士活动的影响的扩展是一个严重的阻碍，在教育活动方面尤为明显。